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2.9: Sitzung 9 - Biologie

2.9: Sitzung 9 - Biologie


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Während der Laborsitzungen 9 und 10 führen Sie eine ortsgerichtete Mutagenese durch, um die DNA für eine mutierte Abl-Kinasedomäne mit einer einzelnen Aminosäuresubstitution zu konstruieren. Sie transformieren Zellen für die anschließende Isolierung Ihrer mutierten DNA.

  1. Herstellung von Mutagenese-Primern
    Für die Mutagenesereaktionen sollten 10 µM Lösungen Ihrer Vorwärts- und Rückwärtsprimer mit ddH20 hergestellt werden. Bevor Sie die Primerbehälter öffnen, die Ihre Primer-DNA als lyophilisiertes Pulver enthalten, zentrifugieren Sie die Röhrchen kurz für 30 bis 60 Sekunden. Berechnen und fügen Sie die erforderliche Wassermenge hinzu, um eine 10 µM Lösung zu erhalten, und lagern Sie Ihre Primerlösungen kurzzeitig bei 4 °C und langfristig bei -20 °C.
  2. Amplifikation des mutierten Plasmids durch PCR
    Sie werden eine Reihe von PCR-Reaktionen mit verschiedenen Konzentrationen der DNA-Matrize (Ihrer isolierten Plasmid-DNA) einrichten, um Plasmide herzustellen, die die gewünschte Basenpaar-Substitution enthalten. Durch Variieren der Menge an DNA-Matrizen bestimmen Sie die Reaktionsbedingungen, die letztendlich Kolonien mit der geringstmöglichen Menge an DNA-Matrizen erzeugen, wodurch die Wahrscheinlichkeit maximiert wird, eine Kolonie mit der gewünschten Mutation zu isolieren. Während genügend Template-DNA vorhanden sein muss, um die Replikation zu erleichtern, kann zu viel Template zu einem unvollständigen Verdau nach der PCR führen, was zu einer unerwünschten Amplifikation der Wildtyp-DNA führt. Wesentlich für eine erfolgreiche Mutagenese ist auch der Einsatz von PfuTurbo als DNA-Polymerase. Im Gegensatz zu Standard-PCR-Reaktionen, die die Replikation eines 1 bis 2 kb-Inserts erfordern, erfordert die Mutagenese die Replikation eines gesamten Plasmids, das 5 oder mehr kb groß sein kann (das pEt-Plasmid ist ungefähr 6,1 kb mit dem Abl-Insert). PfuTurbo wird wegen seiner hohen Wiedergabetreue und der Fähigkeit verwendet, sehr lange Vorlagen zu verlängern.

    Fügen Sie in jedes der drei sterilen PCR-Röhrchen die folgenden Komponenten in der angegebenen Reihenfolge hinzu, wobei x = das Volumen der hinzugefügten Miniprep-Elution (in μL) ist, um 10 ng DNA zu erhalten.

10 ng DNA20 ng DNA50 ng DNA
10x Pfu-Puffer5 μl5 μl5 μl
Template-Plasmid-DNAx μL2x μL5x μL
10 μM Vorwärtsprimer1,2 μl1,2 μl1,2 μl
10 μM reverser Primer1,2 μl1,2 μl1,2 μl
10 mM dNTP-Mix1,0 μl1,0 μl1,0 μl
ddH2040,6 – x μL40,6 – 2x μL40,6 – 5x μL
Unmittelbar vor dem Starten des PCR-Geräts fügen Sie hinzu:
PfuTurbo, 2,5 Einheiten/ μL1,0 μl1,0 μl1,0 μl
Endgültiger Band50 μl50 μl50 μl


Mischen Sie die Reaktionen vorsichtig durch 4- bis 6-maliges Pipettieren und legen Sie die Röhrchen in den Thermocycler. Die Länge des PCR-Programms ist entscheidend für eine erfolgreiche Mutagenese, da die Pfu 28-Polymerase ausreichend Zeit benötigt, um sich um das gesamte Plasmid herum auszudehnen. Ihr TA zeigt Ihnen, wie Sie das folgende PCR-Programm einstellen: 95 °C für 30 Sek.; [16-20 Zyklen von 95 °C für 30 Sekunden: 55 °C für 1 Minute: 65 °C für 2 Minuten pro kb-Plasmid]; dann bei 10 °C halten. Da das von Ihnen verwendete Plasmid ungefähr 6 kb groß ist, dauert jede Verlängerung bei 65 °C 12 Minuten. Die Klasse sollte die PCR-Reaktionen gemeinsam in den Thermocycler laden und der TA startet den Lauf. Der Lauf dauert über 4 Stunden und die Reaktionsgefäße können nach Abschluss des Laufs über Nacht im Cycler belassen werden.

SITZUNG 9B

  1. Nehmen Sie Ihre Reaktion aus dem Thermozyklus und lagern Sie sie bei 4 °C.

Wissenschaftscamp 2021

Das Science Discovery Lab-Programm ist für Camper gedacht, die wissenschaftliche Abenteuer jenseits des typischen Schullehrplans suchen. Ein zertifizierter Lehrer führt die Camper durch praktische, geführte Aktivitäten, bei denen sie sehen, berühren, hören, riechen und schmecken können, wie viel Spaß Wissenschaft wirklich machen kann.
Das Programm umfasst verschiedene Wissenschaftsbereiche wie Biologie, Chemie, Physik, Raketentechnik, Ernährung und Luft- und Raumfahrt. Während der zweiwöchigen Sitzung verwandeln sich Camper in junge Wissenschaftler, die an unzähligen Experimenten teilnehmen, wie zum Beispiel Sezieren von Fröschen über fetale Schweine bis hin zu Haien. Alle Camper werden an unserem berühmten Launch Day ihre eigene Rakete entwerfen, konstruieren und starten, und die Berater werden auch über chemische Bindungen unterrichten. Mit Batik-, Schmier- und Polymerwürmern zum Mitnehmen werden viele unserer Aktivitäten das Verständnis der Camper für sich selbst und die Welt um sie herum verbessern.
Durch den Einsatz der neuesten Technologie in den hochmodernen wissenschaftlichen Labors der Hofstra’E werden die Teilnehmer eine Reise durchmachen, die einen Großteil des wissenschaftlichen Spektrums mit Souvenirs abdeckt, um diese Erinnerungen aus den Experimenten selbst festzuhalten! Diese Spezialität soll das Interesse von begeisterten “Wissenschaftlern” sowie Campern wecken, die ihr Potenzial in diesen Erkundungsthemen testen möchten. Jedes Jahr wird anderes Kursmaterial – mit immer anspruchsvolleren Ermittlungsfähigkeiten – eingeführt.



Meeresbiologie

In dieser zweiwöchigen Spezialität Camper erkunden verschiedene Meeresorganismen wie Algen, Algen, Nesseltiere, Weichtiere, Porifera, Stachelhäuter, Osteichthyes, Chondrichthyes und Wale.
Camper werden ein Salzwasseraquarium erstellen und pflegen und sich über verschiedene Meeresumgebungen informieren. Jeden Tag erkunden Camper eine andere Art von Organismen und lernen, wie man ein Meerwasseraquarium pflegt. Praktische Sezierungen, Exkursionen außerhalb des Geländes und Gastredner werden dieses Programm abwechslungsreich gestalten und Camper inspirieren, sich mit der Meeresbiologie zu befassen.



Genetik

In diesem Kurs werden Sie Ihre familiäre Gesundheitsgeschichte untersuchen, Gene manipulieren, die Grundlagen der Biotechnologie kennenlernen und vor allem etwas über sich selbst erfahren!

Genetik hilft bei der Erklärung vieler Dinge, beispielsweise was Sie einzigartig macht, warum Sie wie andere Mitglieder Ihrer Familie aussehen und warum einige Krankheiten in Ihrer Familie vorkommen. Sich die Zeit zu nehmen, sich mit der Genetik vertraut zu machen, kann Ihnen helfen, Ihre eigene Gesundheit zu verstehen und gesunde Entscheidungen zu treffen. Gene, die nicht richtig funktionieren, können Probleme verursachen.

Eine Gruppe seltener Krankheiten wird verursacht, wenn ein einzelnes Gen nicht mehr normal funktioniert. Viele weitere häufige Krankheiten kommen von mehreren Genen, die nicht richtig funktionieren, und der Kombination dieser Gene mit der Umwelt, wie z. B. Ihrem Lebensstil und Ihren Gewohnheiten. Je mehr Sie wissen, desto einfacher ist es, die richtigen Entscheidungen zu treffen.


Zeitplan: Der halbe Tag besteht aus Programmunterricht. Für die andere Hälfte des Tages werden die Camper in eine Freizeitgruppe eingeteilt, wo sie Mittagessen, Schwimmunterricht und Freizeitsport genießen.

Für mehr Informationen
Anruf: (516) 463-CAMP (2267)


Geschichte

Kinder spielen in der Grube von Gaga

Bevor die ersten jungen Camper aufgenommen wurden, diente das Gelände, das schließlich zum Camp Kiwanilong wurde, als experimentelles Arboretum, in dem das Civilian Conservation Corps viele ungewöhnliche Baumarten pflanzte. Dies war Teil einer historischen Anstrengung in den 1930er Jahren, die Sanddünen der Nordküste zu sichern. Diese Bemühungen hinterließen auf dem Campingplatz eine bemerkenswerte Pflanzenvielfalt, die Camper und Besucher bis heute erfreuen.

Von 1936 bis 1975 verpachtete Clatsop County das Grundstück Camp Kiwanilong an die Pfadfinderinnen. 1979 war der Campingplatz nach Jahren des Leerstands stark baufällig. Der Landkreis erklärte sich bereit, das Lager an einen unabhängigen Vorstand zu vermieten, der die Einrichtung als gemeinnützige Organisation betreiben und unterhalten würde.

Jetzt fragen Sie sich vielleicht, wie Camp Kiwanilong zu einem so lustigen Namen kam. Es kommt von den Wörtern „Kiwanis“ und „Long“. Long ist der Name des Sees, der Teil des Campingplatzes ist, und Kiwanis (insbesondere der Astoria Kiwanis Club) ist die Serviceorganisation, die die wichtigsten Arbeitskräfte und Materialien für den Bau der Hütten, Unterstände und Krankenstation auf dem Gelände bereitstellte.

Am Ufer des Long Lake und im Schatten alter Sitka-Fichten liegt das Camp Kiwanilong ideal für Outdoor-Aktivitäten. Es bietet mehrere Wanderwege, darunter einen drei Kilometer langen Pfad, der sich durch üppige Feuchtgebiete schlängelt, bevor er an den Stränden des Pazifischen Ozeans ankommt. Und die Umgebung des 270 Hektar großen Campingplatzes hat ihre eigenen Attraktionen, darunter den Fort Stevens State Park, Fort Clatsop, das berühmte Schiffswrack Peter Iredale und mehrere historische Stätten der amerikanischen Ureinwohner. Sieh den Karte.

Der Vorstand von Camp Kiwanilong hat seitdem die Leitung des Camps beaufsichtigt. Es beschäftigt eine Vollzeitkraft und finanziert alle Ausgaben des Camps durch Anmeldegebühren, Spenden und Zuschüsse. Arbeits- und Materialbeiträge verschiedener Einzelpersonen und lokaler Serviceorganisationen tragen ebenfalls dazu bei, die Betriebs- und Wartungskosten erheblich zu decken. Erfahren Sie mehr über Freiwilligenarbeit im Camp Kiwanilong oder Spenden für Camp Kiwanilong.


2.9: Sitzung 9 - Biologie

BIOL 201: Zellbiologie
Herbst 2002

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Dozentin: Lauren Yaich, Ph.D.
Telefon: 362-0260
E-Mail: [email protected]
Büro: 203F Fisher Hall

Vorlesungszeiten: M W F 9-9:50 Uhr
Laborzeiten: Do 8-12 Uhr oder Do 14:30-18:30 Uhr
Sprechzeiten: Montag, Mittwoch und Freitag 10 - 11 - 14 - 14 Uhr
Auch nach Vereinbarung und auf "Drop-in"-Basis.

Lehrbuch: Becker, Kleinsmith und Hardin. (2003) Die Welt der Zelle (Fünfte Ausgabe).
Benjamin Cummings: San Francisco.

Laborhandbuch: Laborübungen werden in Form von Handouts zur Verfügung gestellt.
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Klassenbeschreibung und Philosophie

Zellbiologie ist das Studium der Struktur und Funktion von prokaryontischen und eukaryontischen Zellen. In diesem Kurs werden wir viele verschiedene Bereiche der Zellbiologie untersuchen, darunter: die Synthese und Funktion von Makromolekülen wie DNA, RNA und Proteinen Kontrolle der Genexpression Membran- und Organellenstruktur und -funktion Bioenergetik und zelluläre Kommunikation. Beispiele relevanter menschlicher Störungen werden auch verwendet, um den Schülern zu helfen, zu verstehen, was passiert, wenn Zellen nicht so funktionieren, wie sie sollten! Die Labore konzentrieren sich sowohl auf Übungen zur Veranschaulichung zellulärer Phänomene als auch auf die Einführung von Techniken und Verfahren, die üblicherweise in der modernen zell- und molekularbiologischen Forschung verwendet werden. Die Entwicklung kritischer Denkprozesse und Kenntnisse im wissenschaftlichen Lesen und Schreiben werden während des gesamten Studiums betont.
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Vorlesungsplan:

August
26 Einführung (Kapitel 1)
28 Zellchemie (Kapitel 2)
30 Makromoleküle: Teil I (Kapitel 3)

September
2. Tag der Arbeit: Kein Unterricht!
4 Makromoleküle: Teil II (Kapitel 3)
6 Zellen und Organellen (Kapitel 4)
9 Mikroskopietechniken (Anhang)
11 Bioenergetik (Kapitel 5)
13 Enzyme (Kapitel 6)
16 Diskussionssitzung
18 Vorlesungsprüfung #1
20 Zellmembranen (Kapitel 7)
23 Membrantransport (Kapitel 8)
25 Elektrische Signalisierung (Kapitel 9)
27 Signalübertragung: Teil I (Kapitel 10)
30 Signalübertragung: Teil II (Kapitel 10)

Oktober
2 Extrazelluläre Strukturen (Kapitel 11)
4 Diskussionssitzung
7 Vorlesungsprüfung #2
9 Intrazelluläre Kompartimente und Trafficking: I (Kapitel 12)
11 Intrazelluläre Kompartimente und Trafficking: II (Kapitel 12)
14 Chemotropher Energiestoffwechsel (Kapitel 13)
16 Aerobe Atmung (Kapitel 14)
18 Photosynthese: Teil I (Kapitel 15)
21 Photosynthese: Teil II (Kapitel 15)
23. Diskussionsrunde
25 Vorlesungsprüfung #3
28 Chromosomen und der Kern: Teil I (Kapitel 16)
30 Chromosomen und der Kern: Teil II (Kapitel 16)

November
1 Zellzyklus (Kapitel 17)
4 Kontrolle von Zellzyklus und Krebs (Kapitel 17)
6 Meiose und Gametenbildung (Kapitel 18)
8 Rekombination und genetische Variabilität (Kapitel 18)
11 Diskussionsrunde
13 Vorlesungsprüfung #4
15 Transkription und der genetische Code (Kapitel 19)
18 RNA-Prozessierung (Kapitel 19)
20 Translation und Proteinsortierung (Kapitel 20)
22 Regulation der Genexpression: Teil I (Kapitel 21)
25 Regulation der Genexpression: Teil II (Kapitel 21)
27 Keine Klasse: Thanksgiving-Pause !
29 Kein Unterricht: Thanksgiving-Pause !

Dezember
2 Zytoskelett (Kapitel 22)
4 Zellmotilität (Kapitel 23)
6 Last Day Class - Diskussionssitzung

Abschlussprüfung:
Mittwoch, 11. Dezember 9-11 Uhr

Die Abschlussprüfung ist teilweise kumulativ. Eine Liste mit Begriffen und Konzepten für das Finale wird Anfang Dezember verteilt.
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Labore

Der Besuch eines Labors ist erforderlich. Ein unentschuldigtes Fernbleiben vom Labor führt zu einem Abzug von 10 Punkten von Ihrer Labornote. Gelegentlich werden Sie möglicherweise aufgefordert, einen Teil eines Experiments zu anderen Zeiten als der Standardlaborzeit auf- oder abzubauen. Der vorläufige Laborplan ist unten aufgeführt. Wir werden versuchen, dies so genau wie möglich zu verfolgen, aber verspätet eintreffende Bestellungen oder unkooperative "Krebs" können manchmal eine Änderung in letzter Minute erforderlich machen. Die Laborunterlagen werden Ihnen vorab zur Verfügung gestellt. Es wird erwartet, dass Sie die Laborhandouts sorgfältig durchgelesen haben, bevor Sie ins Labor kommen.

Richtlinie zur Laborsicherheit:
Von den Studierenden wird erwartet, dass sie ein geeignetes Laborverhalten nachweisen und Standardverfahren zur Laborsicherheit üben. Bei der Arbeit mit Chemikalien oder bei Verfahren, die eine potenzielle Gefahr für die Augen darstellen können, muss jederzeit eine zugelassene Schutzbrille getragen werden. Es liegt in der Verantwortung des Schülers, seine eigene Schutzbrille (und/oder Laborkittel, falls gewünscht) mitzubringen. Schutzbrillen können zu einem geringen Preis im Buchladen erworben werden. Laborkittel sind in den meisten Fachgeschäften für Uniformen erhältlich. Ein Laborkittel ist zwar nicht erforderlich, es wird jedoch empfohlen, im Labor keine "gute" Kleidung zu tragen. Wenn Sie dies tun müssen, bedecken Sie sie mit einem Laborkittel oder einem alten Hemd. Essen, Trinken oder Rauchen wird im Labor nicht geduldet. Behandeln Sie alle Chemikalien, biologischen Materialien und Laborgeräte mit Respekt. Andernfalls können die Versuchsergebnisse oder das persönliche Wohlbefinden beeinträchtigt werden. Denken Sie daran, alle Unfälle dem Instruktor zu melden, egal wie geringfügig sie zu sein scheinen. Zusätzliche laborspezifische Sicherheitsregeln werden im entsprechenden Laborhandbuch festgelegt.

Laborplan (vorläufig)

August
29 Einführung in das Zellbiologielabor / Computer in der Biologie

September
5 Mikroskopie
12 Spektrophotometrie: Enzymkinetik
19 Zellmembranen
26 Proteine ​​I: Ionenaustauschchromatographie

Oktober
3 Proteine ​​II: SDS-PAGE
10 ELISA-Immunoassay
17 Organellenisolierung
24 Drosophila-Chromosom-Kürbis
31 Spektrophotometrie: Zellwachstum

November
7 DNA I: Kompetente Zelltransformation
14 DNA II: DNA-Extraktion / Gelelektrophorese
21 Zellmotilität
28 Thanksgiving-Pause - Kein Labor!

Dezember
5 Rezitation: Abschlussprüfungen
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Die Xanadu HPC-Ressource verstehen

Ein Desktop oder Laptop reicht in den meisten Fällen nicht aus, um umfangreiche Datensätze (z. B. Genomics) zu analysieren oder Simulationen (z. B. Protein-Docking) durchzuführen. Ihnen fehlt sowohl die Rechenleistung als auch der Speicher, um diese Analysen durchzuführen. Diese Einschränkung kann überwunden werden, indem Maschinen (Computer) in einer vordefinierten Architektur/Konfiguration kombiniert werden, sodass sie als eine Einheit mit verbesserter Rechenleistung und gemeinsam genutzten Ressourcen agieren. Dies ist das Grundkonzept eines Hochleistungsclusters. Ein Cluster besteht aus mehreren verbundenen Computern, die zusammenarbeiten, sodass sie als einzelnes System betrachtet werden können. Jede Rechnereinheit in einem Cluster wird als „Knoten“ bezeichnet.

Die Komponenten eines Clusters sind normalerweise über schnelle lokale Netzwerke („LAN“) verbunden, wobei jeder Knoten seine eigene Instanz eines Betriebssystems ausführt. Zu den Vorteilen von Clustern gehören niedrige Kosten, Flexibilität und die Möglichkeit, Jobs jederzeit auszuführen. irgendwo.

Cluster-Etikette

  • Führen Sie niemals etwas auf dem Hauptknoten eines Clusters aus (wo Sie sich zum ersten Mal anmelden).
  • Behalten Sie den Überblick über Ihre Ausführung und verwenden Sie nicht alle Knoten gleichzeitig.
  • Führen Sie Ihre Ausgabedateien aus und schreiben Sie sie in Ihr Home-Verzeichnis oder an bestimmte Orte.
  • Stellen Sie sicher, dass Sie Ihre temporären und Zwischendateien bereinigen. Der Speicherplatz ist begrenzt.

So erhalten Sie ein Konto

Um ein Konto in Xanadu zu erhalten, benötigen Sie ein UCH-Konto, auch bekannt als CAM-Konto. Über den folgenden Link können Sie diese anfordern: http://bioinformatics.uconn.edu/contact-us/

Wählen Sie: “Kontoanfrage (Xanadu-Cluster) ” aus der Liste auf der Kontaktseite.

Nach dem Absenden der Anfrage erhalten Sie ein CAM-Formular von einem Mitglied des UCH HPC-Teams. Sie werden dieses zweite Formular ausfüllen und nach der Genehmigung können Sie auf diesen Cluster zugreifen.

So setzen Sie das Passwort zurück

Es existiert eine Schnittstelle, um Ihr Passwort zurückzusetzen Hier: (oder über den folgenden Link im Browserfenster: https://vdusers.cam.uchc.edu/pm/)

Ihre CAM-Anmeldeinformationen ermöglichen Ihnen den Zugriff auf diese Ressource. Sie werden wahrscheinlich alle 6 Monate aufgefordert, Ihr Passwort zurückzusetzen. Wenn Sie feststellen, dass Sie sich nicht am Terminal anmelden können, muss Ihr Passwort möglicherweise zurückgesetzt werden.

Zugang zu Xanadu

Xanadu verfügt über zwei Submit Nodes (VM-Maschinen), auf denen sich ein Benutzer anmelden und auf den Cluster zugreifen kann. Die beiden Submit-Knoten sind xanadu-submit-ext und xanadu-submit-int. Aus Benutzersicht sind beide Knoten identisch und einer bietet keinen zusätzlichen Vorteil gegenüber dem anderen. Sie werden über ein Terminal (Befehlszeilenschnittstelle) über das SSH-Protokoll eine Verbindung zu Submit-Knoten herstellen. Wenn Sie einen Mac- oder Linux-Rechner verwenden, ist dies auf Ihrem Betriebssystem verfügbar. Anweisungen für Windows finden Sie weiter unten in diesem Abschnitt und diskutieren Putty als Option.

Xanadu-submit-ext

Auf den hpc-submit-ext-Knoten kann von überall zugegriffen werden und erfordert keine VPN-Verbindung.

Xanadu-submit-int

In seltenen Fällen, in denen xanadu-submit-ext Probleme hat, können Benutzer auf xanadu-submit-int zugreifen. Um darauf zugreifen zu können, müssen Benutzer jedoch eine VPN-Verbindung aufbauen, da sich der interne Submit-Knoten hinter einer Firewall befindet.

Hinweis: Für diejenigen, die bereits Jobs im alten Cluster ausführen, können die externen und internen Submit-Knoten für eine begrenzte Zeit mit den Hostnamen old-xanadu-submit-ext und old-xanadu-submit-int erreicht werden.

VPN-Verbindung herstellen

Um eine Verbindung über den Virtual Private Network (VPN)-Client herzustellen, müssen Sie die kostenlose Pulse Secure-Anwendung herunterladen, die hier verlinkt ist: http://remoteaccess.uconn.edu/vpn-overview/connect-via-vpn-client-2 /

Die Server-URL um sich mit UCHC VPN zu verbinden, das den CAM-Login/das Passwort erfordert:

Sobald Pulse Secure heruntergeladen wurde, kann es mit den folgenden Anweisungen konfiguriert werden.

  1. Öffnen Sie Pulse sicher
  2. Neue Verbindung hinzufügen
  3. Setzen Sie die Server-URL auf: vpn.cam.uchc.edu
  4. Speichern
  5. Verbinden und anmelden mit CAM ID und Passwd

Sobald eine VPN-Verbindung hergestellt ist, melden Sie sich beim internen Submit-Knoten an

Verbinden mit dem Cluster über einen Windows-Computer (Putty)

Windows-Benutzer müssen einen SSH-Client verwenden, um sich mit dem Cluster zu verbinden. Installieren Sie Putty und konfigurieren Sie es für die Verwendung: Schritte zur Putty-Konfiguration. Open Putty öffnet Window1 (siehe unten).

  1. Geben Sie den Hostnamen an, z.B. xanadu-submit-ext.cam.uchc.edu oder xanadu-submit-int.cam.uchc.edu
  2. Erweitern Sie die Registerkarte SSH und wählen Sie X11 (in Fenster 2 angezeigt) (optional)
  3. Aktivieren Sie die X11-Weiterleitung, indem Sie sie auswählen. (Fenster2) (optional)
  4. Scrollen Sie im linken Bereich nach oben und wählen Sie Sitzung.(window1)
  5. Benennen Sie Ihre Sitzung z.B. Xanadu_cluster und klicken Sie zum Speichern auf die Registerkarte Speichern
  6. Ihr Sitzungsname sollte in gespeicherten Sitzungen angezeigt werden
  7. Doppelklicken Sie auf Ihren Sitzungsnamen, um sich mit einer SSH-Sitzung mit dem Server zu verbinden

HPC-Ressourcen und -Grenzen

Xanadu-Cluster verwendet die Slurm, ein hochgradig skalierbares Clusterverwaltungs- und Jobplanungssystem für große und kleine Linux-Cluster. Die Knoten (einzelne Knoten innerhalb des Clusters) werden in Gruppen unterteilt, die als Partitionen bezeichnet werden. Xanadu hat mehrere Partitionen zur Verfügung: general, xeon, amd und himem.

Um die verfügbaren Partitionsinformationen nachzuschlagen, können Sie ‘sinfo -s’ verwenden, wodurch Sie die aktuelle Liste erhalten:

In der obigen Allgemeines* ist die Standardpartition für die Benutzer. Wobei NODES(A/I/O/T) eine Anzahl einer bestimmten Konfiguration nach Knotenstatus in der Form “Available / Idle / Other / Total “ sind.

Der Xanadu-Cluster ist hauptsächlich in einige Partitionen unterteilt:

allgemeine Partition
Himem-Partition
mcbstudent-Partition
pacbio-Partition

allgemeine Partition : besteht aus jedem Knoten mit 36 ​​oder 48 CPUs in einer bestimmten Konfiguration mit 128/256 GB Speicher.

Himem-Partition : wird über 5 Knoten mit jeweils 64 Kernen und 512 GB Speicher verfügen

himem2-Partition: Außerdem haben wir jetzt eine weitere hohe Speicherpartition mit 1 TB Speicher, die sich himem2 nennt:

Die allgemeine Partition , kann nach dem in jedem Knoten verwendeten Prozessortyp weiter unterteilt werden:

xeon-Partition (Knoten bestehen aus Xeon-Prozessoren)
amd-Partition (Knoten bestehen aus AMD-Prozessoren)
GPU-Partition (Knoten besteht aus GPU-Prozessor: NVIDIA TESLA M10 )

xeon-Partition : wird 11 Knoten mit jeweils 36 Kernen und 156 GB haben

amd-Partition : wird über 24 Knoten mit jeweils 48/64 Kernen und 156/256 GB Speicher verfügen

GPU-Partition : besteht aus 1 Knoten mit 36 ​​CPUs und 256 GB Speicher

Um auf die GPU-Partition zuzugreifen, müssen die Benutzer die folgenden Informationen für die Partition und das qos verwenden:

mcbstudent-Partition : besteht aus 2 Knoten mit jeweils 256 GB RAM und 36 und 40 CPUs. Dieser Knoten ist auf Kurse und Workshops von UConn beschränkt. Kursleiter können die Reservierung der Knoten für ihren Kurs im Voraus beantragen, indem sie dies über das Online-Formular auf unserer Website [Link zum Formular] anfordern.

Studenten und Kursleiter, die Zugriff auf diese Partition haben, können diese Knoten mit den folgenden Informationen für die Partition und für qos verwenden:

pacbio-Partition : besteht aus 4 Knoten mit bis zu 36/48 Tassen und 128/256 GB RAM-Speicher. Diese Knoten dürfen nur von der Pacbio SMRT Analysis-Software verwendet werden. Wie Sie auf das Pacbio SMRT-Analyseportal zugreifen, erfahren Sie in unserem pacbio-Tutorial.

Zusammenfassung der Knoten, die dem Xanadu-Cluster zugeordnet sind:

Arbeiten mit Slurm

Zu beachtende Ressourcenbeschränkungen:

Beispiel: Wenn der Benutzer insgesamt 400 Kerne und/oder 1 TB RAM auf allen Knoten verwendet, werden alle anderen ausstehenden Benutzeraufträge angehalten, bis sie unter das Limit fallen

Standardspeicher zugewiesen pro CPU: 128 MB
*Wenn mehr Speicher benötigt wird, geben Sie dies bitte im Skript mit der unten erläuterten Option –mem an.

Zeitbeschränkungen:

(Wenn Sie eine Erweiterung benötigen, klicken Sie auf Hier. Verlängerungsanträge müssen mindestens 2 Tage vor dem Jobende gesendet werden, ausgenommen Wochenenden. Wir werden versuchen, kurzfristige Verlängerungsanfragen zu berücksichtigen, aber Sie sollten versuchen, eine Bestätigung von den Supportmitarbeitern per Slack oder E-Mail zu erhalten.)

Speicherbeschränkungen

Um zu überprüfen, wie viel Speicherplatz Sie belegt haben, können Sie den Befehl zur Festplattennutzung verwenden:

Hiermit können Sie die aktuelle Nutzung des Laborplatzes überprüfen Verknüpfung

Die Verwendung des Clusters zum Ausführen von Jobs kann auf zwei Arten erfolgen

Wenn Sie sich über ssh mit dem Cluster verbinden (an external-submit-node oder internal-submit-node), werden Sie mit den Submit-Knoten verbunden, bei denen es sich um virtuelle Umgebungen handelt, die platziert wurden, um Jobs mit Übermittlungsskripten zu senden. Diese Submit-Knoten haben nur 4 GB Arbeitsspeicher und das Überwältigen dieser Knoten mit laufenden Befehlen wie Kopieren von Dateien, Entfernen von Dateien und Ausführen von Jobs hindert die anderen daran, auf den Cluster zuzugreifen. Wenn Sie ein Skript schreiben, Dateien kopieren, Dateien löschen oder kurze Jobs ausführen möchten, die nicht so lange dauern, dann sollten Sie in eine interaktive Sitzung einsteigen und der Submit-Knoten ist nicht der richtige für Sie. Wenn Sie Ihr Skript bereits geschrieben haben und es abschicken möchten, dann ist Submit-Node das Richtige für Sie.

1. Einen Job interaktiv ausführen:

Der erste Kontaktpunkt für einen Benutzer im Cluster ist der Head-Node/Submit-Node. Jeder Befehl, der an der Eingabeaufforderung gegeben wird, wird vom Head-Node/Submit-Node ausgeführt. Dies ist nicht wünschenswert, da der Kopfknoten/Abgabeknoten eine Reihe von Aufgaben zu erfüllen hat und seine Verwendung für Rechenzwecke seine Leistung verlangsamen wird. Oft ist es jedoch praktisch/erwünscht, einige Befehle auf der Befehlszeile auszuführen, anstatt sie über ein Skript auszuführen. Dies kann erreicht werden, indem eine “Interaktive Sitzung” eingeleitet wird, indem Befehle auf Rechenknoten ausgeführt werden.

So starten Sie eine interaktive Sitzung

Interaktive Sitzungen sind über interne und externe Übermittlungsknoten zulässig. Es gibt keine großen Unterschiede zwischen den internen und externen Submit-Knoten, außer dass der externe Submit-Knoten ohne Verwendung des VPN erreicht werden kann (siehe unten). Es ist auch nicht möglich, SSH vom externen Submit-Knoten zu anderen internen Servern zu senden.

Sobald Sie angemeldet sind, starten Sie eine interaktive Sitzung mit dem Befehl srun

So starten Sie eine interaktive Bash-Sitzung:

So starten Sie eine interaktive Bash-Sitzung mit Speicherzuweisung:

Es ist auch wichtig, den verfügbaren freien Speicher zu kennen, bevor Sie Ihre interaktive Sitzung mit sinfo -o "%n %e" starten:

Der freie Speicher wird in MB angegeben.
Nachdem Sie sich bei der interaktiven Sitzung angemeldet haben, können Sie den Speicher in der interaktiven Sitzung mit dem Befehl sstat <jobid>.batch überprüfen. Die Jobid-Nummer muss mit dem Suffix .batch angehängt werden:

2. Verwenden eines Übermittlungsskripts

Beispielskript für die Standardauftragsübermittlung.

Ein allgemeines Skript besteht aus 3 Hauptteilen:

  • Die #!/bin/bash-Zeile, die die Ausführung als Bash-Skript ermöglicht
  • Parameter für den SLURM-Scheduler, angezeigt durch #SBATCH
  • Befehlszeile(n), die von Ihrer ausgewählten Anwendung stammen

Die Zeilen #SBATCH geben den Parametersatz für den SLURM-Scheduler an.

  • Geben Sie immer den absoluten Pfad zu den Eingabedateien an. Dadurch werden Fehler und Jobfehler vermieden, falls das Skript verschoben wird.

So geben Sie die Partition und das Qos in einem Übermittlungsskript an:

Um einen Job an eine bestimmte Partition zu übergeben, müssen –partition und –qos im Skript angegeben werden.
So verwenden Sie die allgemeine Partition:

So verwenden Sie die Himem-Partition:

Wenn Sie daran interessiert sind, einen GPU-Knoten zu verwenden, stellen Sie bitte die Partition und das Qos wie folgt ein:

Bitte beachten Sie, dass es nur einen GPU-Knoten im Xanadu-Cluster (xanadu-06) gibt. Xanandu-06 ist auch Teil der allgemeinen Partition, daher kann es bei starker Nutzung manchmal eine Weile dauern, bis man darauf zugreifen kann.

So reichen Sie einen Job ein

Um ein Skript an den Cluster zu senden, können Sie den Befehl sbatch verwenden

Alle Skripte werden mit dem folgenden Befehl an den Cluster gesendet:

In einigen speziellen Fällen, in denen Sie einen Job ohne Anmeldung zum Cluster senden möchten, können Sie Folgendes verwenden:

Bevor Sie den obigen Job absenden, müssen Sie möglicherweise die folgende Zeile in Ihr

Dann müssen Sie die folgende Zeile am Ende Ihres hinzufügen

Überwachen eines übermittelten Jobs

Zur Überwachung aller Jobs kann Squeue verwendet werden

Es gibt Informationen zu den Jobs auf allen Partitionen. Ein wichtiger Aspekt ist der Status des Jobs in der Warteschlange.
Woher

R – Laufen
PD – ausstehend
CG – Abgebrochen

Zur Überwachung eines bestimmten Jobs kann der Squeue-Befehl verwendet werden. In diesem Beispiel lautet die Job-ID 201185. Diese Nummer wird zum Zeitpunkt der Jobübergabe bereitgestellt und kann verwendet werden, um auf den Job zu verweisen, während er ausgeführt wird und nachdem er abgeschlossen wurde.

So überwachen Sie von einem Benutzer gesendete Jobs

So überwachen Sie Jobs in einer bestimmten Partition:

Anzeigeinformationen zu einem laufenden/abgeschlossenen Auftragssack können verwendet werden

So überprüfen Sie das einem bestimmten Job zugewiesene Zeitlimit (Start, Elapsed, Timelimit)

Um weitere Informationen zu einem bestimmten Job zu erhalten, kann scontrol verwendet werden

Wenn Sie weitere Informationen zu dem Job wünschen, können Sie dem Befehl die Option -dd wie folgt hinzufügen:

So stornieren Sie einen Auftrag nach der Übermittlung:

Wenn Sie einen Job, den Sie übergeben haben, stoppen müssen, können Sie den Befehl scancel mit der JobID-Nummer verwenden:

So beenden Sie alle Ihre Jobs:

So laden Sie Software:

Das Laden von Software kann mit dem Modulbefehl erfolgen. Um die verfügbare Software im Cluster zu überprüfen, verwenden Sie den Befehl module Avail, der die verfügbaren Module/Softwarepakete im Cluster anzeigt. Im Folgenden finden Sie einen kleinen Teil der Softwaredateien, die angezeigt werden, wenn Sie den Befehl ausführen.

Um dann ein Modul/eine Software in Ihre Arbeitsumgebung oder Ihr Skript zu laden, verwenden Sie den Befehl module load gefolgt vom Modulnamen:
Bsp.: Wenn Sie das Modul picard/2.9.2 laden möchten, verwenden Sie:

Um die in Ihre Umgebung geladenen Module zu überprüfen, verwenden Sie den Befehl module list:

Um die zugehörigen Variablen und den Pfad der Moduldatei zu überprüfen, verwenden Sie den Befehl module display:

Das Picard-Modul lädt die Umgebungsvariable namens PICARD , wo das Programm aufgerufen werden kann, anstatt den vollständigen Pfad zur ausführbaren Datei anzugeben.
Wo Sie das Programm aufrufen können, indem Sie:

Um ein Modul zu entladen, verwenden Sie: Befehl zum Entladen von Modulen:

wodurch die Picard aus Ihrer Umgebung entfernt wird.

Informationen zum Dateisystem:

/home/CAM/Benutzername ODER /home/FCAM/Benutzername:: Dies ist Ihr Home-Verzeichnis. Dies ist der Standardspeicherort, wenn Sie sich beim System anmelden. Sie können jede Analyse von diesem Verzeichnis aus ausführen und Sie haben

Hier stehen 10 TB Speicherplatz zur Verfügung.

/labs/pi-name :** Dies ist eine kollaborative Ressource, die auf Anfrage erstellt wurde, um Daten mit anderen Mitgliedern Ihres Labs auszutauschen. Bitte wenden Sie sich an das CBC, um einen Ordner für Ihr Labor anzufordern.

/Projekte/Projektname :** Dies ist eine kollaborative Ressource, die auf Anfrage erstellt wurde, um Daten mit anderen Projektmitgliedern zu teilen. Bitte wenden Sie sich an das CBC, um einen Ordner für Ihr Labor anzufordern.

/linuxshare/users/username:** Dieses Verzeichnis existiert um Daten langfristig zu archivieren (komprimiert und tariert). Dieser Raum ist auf Anfrage verfügbar. Es entspricht /archive auf BBC insofern, als in nicht als Speicherort für laufende Analysen verwendet werden sollte.

/linuxshare/projects/Projektname:**# Dieses Verzeichnis existiert, um Daten projektspezifisch (komprimiert und tariert) langfristig zu archivieren. Dieser Raum ist auf Anfrage verfügbar. Es entspricht /archive auf BBC insofern, als in nicht als Speicherort für laufende Analysen verwendet werden sollte.

/UCHC/GlobusXfer : Dieses Verzeichnis ist das Ziel auf Xanadu für den Endpunkt “UConn Health HPC” zum Übertragen von Daten/Dateien mit Globus. Verschieben Sie die Dateien nach der Übertragung an den gewünschten Ort und löschen Sie sie aus dem GlobusXfer-Verzeichnis.

/local/tmp: Dieses Verzeichnis kann zur temporären Speicherung Ihrer Daten verwendet werden, während die Berechnungen ausgeführt werden. Sobald die Berechnungen abgeschlossen sind, müssen die Daten aus diesem Bereich verschoben werden. Es hat rund 600 GB Speicherplatz.

/kratzen: NFS-gemountetes Dateisystem, Dieses Verzeichnis kann für die temporäre Speicherung Ihrer Daten verwendet werden, während die Berechnungen ausgeführt werden. Sobald die Berechnungen abgeschlossen sind, müssen die Daten aus diesem Bereich verschoben werden. Es hat rund 84T Platz.

/isg/shared/databases : Beinhaltet Aligner-Index (gmap, HiSAT2, Bowtie2 usw. von häufig verwendeten Arten/Genomen), Blast, Diamond, Kraken, Pfam, Swiss-Prot, BUSCO usw.

# /linuxshare-Verzeichnisse sind archivalisch, da Lese- und Schreibvorgänge langsamer sind als andere Repositorys

** Bitte fordern Sie diese Verzeichnisse über das Kontaktformular an, indem Sie die Option “Bioinformatik und technischer Support” auswählen. Sobald die Benutzer von den Xanadu-Administratoren erstellt wurden, können sie sie nach Belieben füllen.

Übertragen von Daten zwischen Clustern:

Der Datenübertragungsprozess für große Dateien kann zwei verschiedene Schritte umfassen:

(1) SCHRITT 1: Formatieren von Daten, einschließlich Komprimieren von Daten, md5sum-Strings usw

(2) SCHRITT 2: Übertragen der Daten

SCHRITT 1

Um das Datenverzeichnis zwischen Clustern zu übertragen, empfiehlt es sich, das Verzeichnis zu komprimieren und vor der Übertragung einen md5sum-String für die komprimierte Datei zu generieren. Diese Zeichenfolge sollte mit dem md5sum-Wert übereinstimmen, der nach der Übertragung der Datei generiert wurde. Dies dient der vollständigen und unverfälschten Übertragung der Daten. Schritte sind hier aufgelistet,

Wenn Sie diese Befehle auf xanadu ausführen, vermeiden Sie es bitte, sie auf dem Submit-Knoten auszuführen. Bitte starten Sie eine interaktive Sitzung als

Dadurch werden Sie zu einem der Compute-Knoten verschoben. Um zu überprüfen, ob Sie sich auf dem Rechenknoten befinden, führen Sie einfach aus

Die Ausgabe sollte einer der Rechenknoten sein, der mit shangrila oder xanadu beginnt. Wenn die Ausgabe hpc-submit-ext oder hpc-submit-int ist, wird die interaktive Sitzung nicht initiiert. Versuchen Sie es erneut und wenn das Problem weiterhin besteht, wenden Sie sich bitte an [email protected]

data : Verzeichnis mit zu komprimierenden Daten
um zu komprimieren, führen Sie den Befehl aus.

data.tar.gz : Komprimierte Datei ausgeben.

SCHRITT 2

(3) Sobald die Dateien komprimiert sind, verwenden Sie bitte transfer.cam.uchc.edu VM, um eine Übertragung zu initiieren. Um sich bei Transfer VM anzumelden und zu versuchen

Verwenden Sie Ihre CAM-Kontoanmeldeinformationen. Bitte verwenden Sie keine Xanadu-Sendeknoten zum Übertragen von Dateien.

Datei übertragen

Fall1: Wenn Sie bei BBC (oder einem anderen Cluster) angemeldet sind und die Datei an Xanadu . übertragen

Fall2: Wenn Sie bei Xanadu angemeldet sind und eine Datei von BBC übertragen

In beiden Fällen werden Sie zur Eingabe eines Kennworts aufgefordert. Dieses Kennwort gilt für den Cluster, in dem Sie derzeit nicht angemeldet sind.

Überprüfen Sie nach der Übertragung die md5-Summe der übertragenen Datei am Ziel.

Der Wert oder die Zeichenfolge sollte mit der in Schritt 2 generierten Zeichenfolge übereinstimmen.
Entpacken Sie die Datei

Sobald der Übertragungsprozess abgeschlossen ist, um die interaktive Sitzung zu beenden, führen Sie einfach aus

Ausführlichere Informationen zu Dateiübertragungsmethoden finden Sie in unserem Tutorial auf Datentransfer .


MGCB REU-Sommerprogramm

Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an Aaron Turkewitz ([email protected]).

Das Department of Molecular Genetics and Cell Biology der University of Chicago ist führend in der Erforschung molekularer Mechanismen, die der Zellbiologie und der Entwicklung von Organismen zugrunde liegen. Aktuelle Fakultäten arbeiten an grundlegenden Problemen der Biologie mit einer Vielzahl von Modellsystemen, darunter Viren, Bakterien, Protozoen, Pilze, Pflanzen, Fadenwürmer, Fruchtfliegen, Fische und Mäuse. Mit Mitteln der National Science Foundation bietet das Department talentierten Studenten eine spannende Möglichkeit, Forschungserfahrungen zu sammeln. Dieses Programm richtet sich an Studierende, die sich für den Besuch einer Graduiertenschule und eine Karriere in der Wissenschaft interessieren. MGCB-Sommerpraktika ermöglichen es den Studierenden, sich Forschungsprojekten zu widmen, die in Zusammenarbeit mit Doktoranden oder Postdoktoranden wichtige Probleme der Biologie bearbeiten.

Die Praktikanten werden in Forschungslabors der Abteilung untergebracht, von denen die meisten im Cummings Life Sciences Center untergebracht sind, mit mehreren Labors in einem nahe gelegenen Gebäude. Die Praktikanten haben vollen Zugang zu den fortschrittlichen Instrumenten, die in den Gastlaboratorien sowie in einer Vielzahl hervorragender Kerneinrichtungen verfügbar sind, darunter fortschrittliche Licht- und Elektronenmikroskopie, DNA-Sequenzierung der nächsten Generation und eine breite Palette biophysikalischer Ansätze.

Neben der Forschung nehmen die Praktikanten an Workshops zur Vermittlung wissenschaftlicher Ergebnisse und Ethik in der Forschung teil. Sehen Sie sich den Zeitplan der Aktivitäten unten an.

2021 Datum(e) Aktivität
8. Februar 2021 Bewerbungsfrist
Februar März Von ausgewählten Praktikanten des Lenkungsausschusses geprüfte Bewerbungen und zugewiesenen Gastlabors
März April Praktikanten, die vom Programmadministrator mit Praktikumsinformationen kontaktiert wurden
April Mai Praktikanten werden vom PI des Gastlabors kontaktiert
noch offen Praktikanten kommen in Chicago an und ziehen ins Wohnheim**
9. Juni Sitzung beginnt
Woche 1 Abteilungsinterner Begrüßungsworkshop zum Thema Laborsicherheit 10 min Interne Präsentationen zu geplanten Projekten
Woche 2-9 Dozentenseminare donnerstags (insgesamt 7) zum Mittagessen
Woche 3 Workshop zur Wissenschaftsethik
Woche 3-9 Freitags-Lunch-Meetings mit Praktikanten und Lehrkräften, um den Fortschritt zu präsentieren, wobei jeder Praktikant zweiwöchentlich vorstellt
Woche 5 Workshop zur Bewerbung für die Graduiertenschule
Woche 10 Abteilungs-Minisymposium mit 15-minütigen internen Präsentationen. Postersession mit Abteilungsempfang
Flexible Zeiteinteilung im Sommer Gesellige Abende mit Dozenten
18. August Sitzung endet
**Informationen vor Ort/Einzug werden gemäß den COVID-Richtlinien und -Einschränkungen verfügbar sein**

Chicago ist eine der pulsierendsten amerikanischen Städte, die im Sommer mit einer Reihe von kostenlosen Musikfestivals besonders aufregend ist. Die Universität befindet sich in der Nähe des Hyde Parks. Hyde Parkers haben mit den öffentlichen Verkehrsmitteln einfachen Zugang zu den kulturellen Reichtümern der Innenstadt von Chicago und genießen die schönen Parks entlang des Chicagoer Seeufers. REU-Praktikanten werden in Schlafsälen in der Nähe der Forschungslabore und 20 Gehminuten vom Promontory Point entfernt untergebracht, einem beliebten Ort für Sommergrills und Seebaden.

Basierend auf den Vorlieben der einzelnen Studierenden und der Verfügbarkeit der Fakultät wird jedem Praktikanten ein Fakultätsmentor zugewiesen und er entwirft in enger Absprache mit diesem ein Forschungsprojekt. Die aktive Teilnahme an diesem Forschungsprojekt steht im Mittelpunkt des Sommers.

Von den Studierenden wird erwartet, dass sie während der gesamten 10 Wochen mindestens 40 Stunden pro Woche an der Forschung teilnehmen und sich während der Dauer ihres Praktikums nicht in Lehrveranstaltungen einschreiben oder einer Nebentätigkeit nachgehen dürfen. Die Studierenden werden auch in wöchentlichen Mittagsseminaren der Fakultät mit den Forschungsarten des Fachbereichs vertraut gemacht.

Um mehr über Projekte zu erfahren, an denen Teilnehmer beteiligt sein könnten, sehen Sie sich die Liste der MGCB REU-Fakultätstrainer unter.

Jeder Student erhält ein Stipendium in Höhe von 5.500 US-Dollar plus 750 US-Dollar Essenszuschuss sowie Reisekosten zur und von der Universität. Darüber hinaus werden Unterkünfte mit komfortablen Unterkünften in einem praktischen Studentenwohnheim der University of Chicago bereitgestellt.

Fakultätsteilnehmer am REU-Sommerprogramm 2021:

Richard Fehon Regulierung der epithelialen Polarität und Proliferation während der Entwicklung
Ben Glick Biogenese von Organellen des Sekretionsweges in Hefe- und Säugerzellen und gerichtete Evolution fluoreszierender Proteine
Michael Glotzer Zytokinese in tierischen Zellen
Jean Greenberg Pflanzenabwehr gegen bakterielle Infektionen und bakterielle Virulenzmechanismen
Sally Horne-Badovinac Polarisierte Epithelien
David Kovar Aktin-Assemblierung in Spalthefen, von grundlegenden zellulären Mechanismen bis hin zu Krebs
Stephen Kron Signaltransduktion, Zellzykluskontrolle und Checkpoints. Technische Entwicklung
Heng-Chi Lee Kleine RNA-vermittelte epigenetische Regulation und Genomüberwachung
Laurens Mets Alternative energy from algae
Ed Munro Cytoskeletal dynamics and cell polarization and morphogenesis
David Pincus Cellular stress responses and protein homeostasis
Ilaria Rebay Transcriptional regulatory circuits in development and disease
Michael Rust The role of oscillations and rhythms in living systems
Jonathon Staley Pre-mRNA splicing - mechanisms and regulation in yeast and humans
Aaron Turkewitz Membrane traffic and evolution in protozoa

This program is limited to students whose home institution is not the University of Chicago. Participants must be citizens or permanent residents of the United States and have a strong interest in research. The MGCB REU program is designed to encourage and enhance the participation of students from schools without large research programs and from members of minorities currently underrepresented in the sciences. We will not accept applicants who are currently enrolled in institutions with PhD programs in Biological Sciences comparable to the University of Chicago. Applicants currently enrolled in their junior year of college are preferred, but students in earlier years will also be considered.

The link to complete an application is below. The application deadline is February 8, 2021, and successful candidates will be contacted during February-March.

Move-in will take place on Date TBD, with the program running from June 9 to August 18, 2021.


Office Hours

Office hours are held during weeks 2-9 of Autumn, Winter, and Spring quarters. Due to the shelter in place, we will be hosting Zoom office hours in Spring Quarter. You will find the Zoom link in the weekly Biology newsletter. If didn't receive the newsletter, please send an email to the BioBridge peer advisors.

Winter Quarter 2020-21 Virtual Schedule:

  • Monday 11:30am-1:30pm PST (Maria)
  • Monday 7:00pm-9:00pm PST (Maitri)
  • Tuesday 9:30am-11:30am-9pm PST (Jiwoo)
  • Wednesday 7:00pm-9:00pm PST (Saket)

Inhalt

Previous qualifications Edit

Before the introduction of GCSEs, students took CSE (Certificate of Secondary Education) or the more academically challenging O-Level (General Certificate of Education (GCE) Ordinary Level) exams, or a combination of the two, in various subjects. The CSE broadly covered GCSE grades C-G or 4–1, and the O-Level covered grades A*-C or 9–4, but the two were independent qualifications, with different grading systems. The separate qualifications were criticised for disadvantaging the bottom 42% of O-Level entrants who failed to receive a qualification, and the highest-achieving CSE entrants who had no opportunity to demonstrate higher ability. [ Zitat benötigt ]

In its later years, O-Levels were graded on a scale from A to E, with a U (ungraded) grade below that. Before 1975, the grading scheme varied between examination boards, but typically there were "pass" grades of 1 to 6 and "fail" grades of 7 to 9. However the grades were not displayed on certificates. [ Zitat benötigt ]

The CSE was graded on a numerical scale from 1 to 5, with 1 being the highest, and 5 being the lowest passing grade. Below 5 there was a U (ungraded) grade. The highest grade, 1, was considered equivalent to an O-Level C grade or above, and achievement of this grade often indicated that the student could have taken an O-Level course in the subject to achieve a higher qualification. As the two were independent qualifications with separate syllabi, a separate course of study would have to be taken to "convert" a CSE to an O-Level in order to progress to A-Level. [ Zitat benötigt ]

There was a previous attempt to unite these two disparate qualifications in the 1980s, with a trial "16+" examination in some subjects, awarding both a CSE and an O-Level certificate, before the GCSE was introduced. The final O-level/CSE examinations were sat in 1987. [ Zitat benötigt ]

Introduction of the GCSE Edit

GCSEs were introduced in 1988 [2] to establish a national qualification for those who decided to leave school at 16, without pursuing further academic study towards qualifications such as A-Levels or university degrees. They replaced the former CSE and O-Level qualifications, uniting the two qualifications to allow access to the full range of grades for more students. However the exam papers sometimes had a choice of questions designed for the more able and the less able candidates.

Upon introduction, the GCSEs were graded on a letter scale, from A to G, with a C being set as roughly equivalent to an O-Level Grade C, or a CSE Grade 1, and thus achievable by roughly the top 25% of each cohort.

Changes since initial introduction Edit

Over time, the range of subjects offered, the format of the examinations, the regulations, the content, and the grading of GCSE examinations has altered considerably. Numerous subjects have been added and changed, and various new subjects are offered in the modern languages, ancient languages, vocational fields, and expressive arts, as well as Citizenship courses. [3]

Introduction of the A* grade Edit

In 1994, the A* grade was added above the grade A, to further differentiate attainment at the very highest end of the qualification. This remained the highest grade available until 2017. The youngest pupil to gain an A* grade was Thomas Barnes, who earned an A* in GCSE Mathematics at the age of 7. [4]

2000s reforms Edit

Between 2005 and 2010, a variety of reforms were made to GCSE qualifications, including increasing modularity and a change to the administration of non-examination assessment.

From the first assessment series in 2010, controlled assessment replaced coursework in various subjects, requiring more rigorous exam-like conditions for much of the non-examination assessed work, and reducing the opportunity for outside help in coursework.

2010s reforms Edit

Under the Conservative government of David Cameron, and Education Secretary Michael Gove, various changes were made to GCSE qualifications taken in England. Before a wide range of reforms, interim changes were made to existing qualifications, removing the January series of examinations as an option in most subjects, and requiring that 100% of the assessment in subjects from the 2014 examination series is taken at the end of the course. These were a precursor to the later reforms. [5]

From 2015, a large-scale programme of reform began in England, changing the marking criteria and syllabi for most subjects, as well as the format of qualifications, and the grading system. [6] [7]

Under the new scheme, all GCSE subjects were revised between 2015 and 2018, and all new awards will be on the new scheme by summer 2020. The new qualifications are designed such that most exams will be taken at the end of a full 2-year course, with no interim modular assessment, coursework, or controlled assessment, except where necessary (such as in the arts). Some subjects will retain coursework on a non-assessed basis, with the completion of certain experiments in science subjects being assumed in examinations, and teacher reporting of spoken language participation for English GCSEs as a separate report.

Other changes include the move to a numerical grading system, to differentiate the new qualifications from the old-style letter-graded GCSEs, publication of core content requirements for all subjects, and an increase in longer, essay-style questions to challenge students more. Alongside this, a variety of low-uptake qualifications and qualifications with significant overlap will cease, with their content being removed from the GCSE options, or incorporated into similar qualifications. A range of new GCSE subjects were also introduced for students to study from 2017, 2018. 2019, and 2020. [8]

GCSE examinations in English and mathematics were reformed with the 2015 syllabus publications, with these first examinations taking places in 2017. The remainder were reformed with the 2016 and 2017 syllabus publications, leading to first awards in 2018 and 2019, respectively.

For GCSE Science, the old single-award "science" and "additional science" options are no longer available, being replaced with a double award "combined science" option (graded on the scale 9–9 to 1–1 and equivalent to 2 GCSEs). Alternatively, students can take separate qualifications in chemistry, biology, and physics. Other removed qualifications include a variety of design technology subjects, which are reformed into a single "design and technology" subject with multiple options, and various catering and nutrition qualifications, which are folded into "food technology". Finally, several "umbrella" GCSEs such as "humanities", "performing arts", and "expressive arts" are dissolved, with those wishing to study those subjects needing to take separate qualifications in the incorporated subjects. [9]

Implications for Wales and Northern Ireland Edit

These reforms do not directly apply in Wales and Northern Ireland, where GCSEs will continue to be available on the A*-G grading system. However, due to legislative requirements for comparability between GCSEs in the three countries, and allowances for certain subjects and qualifications to be available in Wales and Northern Ireland, some 9–1 qualifications will be available, and the other changes are mostly adopted in these countries as well. [10]

In Northern Ireland, a decision was taken by Minister of Education, Peter Wier (DUP), in 2016 [11] to align the A* Grade to the 9 Grade of the English reformed qualifications. The first award of the new A* grade being in 2019. A C* grade was also introduced in Northern Ireland to align to the 5 Grade in England, again with first awarding in 2019. GCSEs in Northern Ireland remain modular and science practicals can count towards the overall grade outcome. Speaking and listening also remains a component of the GCSE English Language specification.

Historically, there were a variety of regional examination boards, or awarding organisations (AOs), who set examinations in their area. Over time, as deregulation allowed schools to choose which boards to use, mergers and closures have led to only 5 examination boards remaining today:

    (AQA), which absorbed the following boards: AEB, JMB, NEAB, and SEG. (OCR), which absorbed the Oxford Delegacy of Local Examinations, Cambridge Local Examinations, Oxford & Cambridge Examinations Board, MEG, and RSA exam boards. , which absorbed the LREB, BTEC, and ULEAC boards. (WJEC or CBAC), the main examining board in Wales. (CCEA), the examining board and regulator in Northern Ireland.

The examination boards operate under the supervision of Ofqual (The Office of Qualifications and Examinations Regulation) in England, Qualifications Wales in Wales, and the CCEA in Northern Ireland.

In England, AQA, OCR, and Pearson operate under their respective brands. Additionally, WJEC operate the brand Eduqas, which develops qualifications in England. CCEA qualifications are not available in England.

In Wales, WJEC is the only accredited awarding body for GCSEs in the public sector, and thus no other board formally operates in Wales. However, some qualifications from the English boards are available as designated qualifications in some circumstances, due to not being available from WJEC.

In Northern Ireland, CCEA operates as both a board and a regulator. Most qualifications from the English boards are also available, with the exception of English language and the sciences, due to requirements for speaking and practical assessment, respectively. [12]

Students usually take at least 5 GCSEs in Key Stage 4, in order to satisfy the long-standing headline measure of achieving 5 A*-C grades, including English, Mathematics, and Science. The exact qualifications taken by students vary from school to school and student to student, but schools are encouraged to offer at least one pathway that leads to qualification for the English Baccalaureate, requiring GCSEs in English language, English literature, mathematics, 2 science GCSEs, a modern or ancient language, and either history or geography. [ Zitat benötigt ]

Subjects Edit

The list of currently available GCSE subjects is much shorter than before the reforms, as the new qualifications in England all have core requirements set by the regulator, Ofqual, for each subject. In addition, there are several subjects where only one board offers qualifications, including some that are only available in one country of the UK for that reason. The following lists are sourced from the exam board websites. [13] [14] [15] [16] [17] [18] [19] [20]

Core subjects Edit

These are the requirements for achieving the English Baccalaureate headline measure in league tables, from 2017 onwards. [21] The Baccalaureate itself does not garner a certificate for students. Other subjects, especially religious studies, citizenship studies, computer science, or physical education are compulsory in some schools as these subjects form part of the National Curriculum at Key Stage 4.

  • Englisch: both English Language and English Literature
  • Mathematics
  • Wissenschaft: See GCSE Science. Biology, Chemistry and Physics or Combined Science. Computer Science is also considered a science for the English Baccalaureate
  • Sprachen: one GCSE in a modern or ancient language
    • Modern languages: Arabic, Bengali, Chinese (Cantonese), Chinese (Mandarin), French, German, Modern Greek, Gujarati, Modern Hebrew, Italian, Japanese, Panjabi, Persian, Polish, Portuguese, Russian, Spanish, Turkish, Urdu
    • Ancient languages: Classical Greek, Biblical Hebrew, Latin

    Other subjects Edit

    • Sciences and Mathematics:
      • Astronomy
      • Geologie
      • Psychologie
      • Statistiken
      • Sociology
      • Alte Geschichte
      • Citizenship Studies
      • Classical Civilisation
      • Religious Studies
      • Business Studies
      • Wirtschaft
      • Design and Technology
      • Electronics
      • Maschinenbau
      • Food Preparation & Nutrition
      • Art and Design
      • Tanzen
      • Drama
      • Film Studies
      • Media Studies
      • Musik
      • Fotografie
      • Graphics
      • Physical Education
      • Agriculture and Land Use
      • Business and Communication Systems
      • Entwicklung des Kindes
      • Construction and the Built Environment
      • Contemporary Crafts
      • Digitale Technologie
      • Further Mathematics
      • Government and Politics
      • Health and Social Care
      • Home Economics
      • Hospitality
      • irisch
        • irisch
        • Gaeilge
        • Information and Communication Technology
        • Welsh (compulsory in Welsh schools):
          • Welsh Language (first language)
          • Welsh Literature (first language)
          • Welsh Second Language

          Grades and tiering Edit

          GCSEs are awarded on a graded scale, and cross two levels of the Regulated Qualifications Framework (RQF): Level 1 and Level 2. These two levels roughly correspond, respectively, to foundation and higher tier in tiered GCSE qualifications. Level 1 qualifications constitute GCSEs at grades G, F, E, and D or 1, 2, and 3. Level 2 qualifications are those at grades C, B, A, and A* or 4, 5, 6, 7, 8, and 9.

          The tiering of qualifications allows a subset of grades to be reached in a specific tier's paper. Formerly, many subjects were tiered, but with the mid-2010s reform, the number of tiered subjects reduced dramatically, including the removal of tiering from the GCSE English specifications. Untiered papers allow any grade to be achieved. Coursework and controlled assessment tasks are always untiered.

          In the past, mathematics qualifications offered a different set of tiers, with three. These were foundation tier at grades G, F, E, and D intermediate tier at grades E, D, C, and B and higher tier at grades C, B, A, and A*. This eventually changed to match the tiers in all other GCSE qualifications.

          The evolution of grades, and a rough comparison between them is as follows:

          Approximate equivalences for GCSE, O-Level and CSE grades
          GCSE Grade O-Level Grade CSE Grade
          England
          from 2017 a
          Nordirland
          from 2019 b
          Wales from 1994
          England, NI 1994–2019 c
          1988–1993 1975–1987 d 1965–1987
          9 A* A* EIN EIN
          8 EIN
          EIN
          7
          6 B B B B
          5 C*
          C C C 1
          4 C
          3 D D D D 2
          E E E E 3
          2
          F F F U 4
          1
          g g g 5
          U U U U U

          • Notes:
            • GCSE grades 9 to 4 (A* to C) – Certificate and qualification awarded. At GCSE, considered a 'good pass', and awards a qualification at Level 2 of the RQF.
            • GCSE grades 3 to 1 (D to G) – Certificate and qualification awarded. At GCSE, awards a qualification at Level 1 of the RQF.
            • U: ungraded/unclassified – no certificate or qualification awarded
            • ^a 9–1 grades phased in by subject between 2017 and 2019 in England
            • ^b New A*–G grades in Northern Ireland from 2019 [22]
            • ^c A*–G grades as used in Wales since 1994, and in England and Northern Ireland between 1994 and 2019
            • ^d Before 1975, each exam board had its own grading system (some used letters, others numbers). Grades were only given to schools and not recorded on students' certificates

            Letter grades Edit

            When GCSEs were first introduced in 1988, they were graded on a letter scale in each subject: A, B, C, D, E, F, and G being pass grades, with a U (unclassified) grade below that which did not qualify the student for a certificate.

            These grades were initially set such that a GCSE grade C was equivalent to an O-Level grade C or a CSE grade 1, though changes in marking criteria and boundaries over the years mean that this comparison is only approximate.

            Infrequently, X and Q grades are awarded. X indicates that a course was not completed in full, and therefore an appropriate grade cannot be calculated. The Q (query) grade is a temporary grade that requires the school to contact the examining body. These latter two grades are both usually provisional, and are replaced with a regular grade once any issues have been resolved. X grades are also sometimes used for other purposes, on rare occasions, such as to indicate that an examiner found offensive material or hate speech within a student's responses. In some cases, this may lead to the student losing all marks for that paper or course. These grades are most common in subjects which discuss ethical issues, such as biology, religious studies, and citizenship. [ Zitat benötigt ]

            In 1994, an A* grade was added above the initial A grade to indicate exceptional achievement, above the level required for the A grade.

            Under the letter grade scheme, foundation tier papers assess content at grades C to G, while higher tier papers assess content at grades A* to C. In foundation tier papers, the student can obtain a maximum grade of a C, while in a higher tier paper, they can achieve a minimum grade of a D. If a higher tier candidate misses the D grade by a small margin, they are awarded an E. Otherwise, the grade below E in these papers is U. In untiered papers, students can achieve any grade in the scheme. [ Zitat benötigt ]

            This scheme is being phased out in England, but remains in Wales and Northern Ireland. In Northern Ireland, the A* grade has been adjusted upwards with the introduction of the numerical scheme in England, such that an A* is equivalent to a new English grade 9. Northern Ireland also added a C* grade to line up with the grade 5 in the English grading. [ Zitat benötigt ]

            Numerical grades (2017 onwards) Edit

            From 2017 in England (and in Wales and Northern Ireland on qualifications from the English-based awarding bodies), most GCSEs are now assessed on a 9-point scale, using numbers from 9 to 1, and, like before, a U (unclassified) grade for achievement below the minimum pass mark. Under this system, 9 is the highest grade, and is set above the former A* classification, equivalent to the new Northern Irish A* grade. The former C grade is set at the new grade 4, now known as a "standard pass", and grade 5 being considered a "strong pass" under the new scheme.

            Although fewer qualifications have tiered examinations than before, the tiering system still exists. At foundation tier, the grades 1, 2, 3, 4, and 5 are available, while at higher tier, the grades 4, 5, 6, 7, 8, and 9 are targeted. Once again, if a higher-tier student misses the grade 4 mark by a small margin, they are awarded a grade 3. Controlled assessment and coursework tasks are untiered.

            The youngest person known to have achieved a grade 9 is Ellie Barnes who achieved the grade in Mathematics aged 8 years old. [23] [24] [25]

            Results Edit

            GCSE results are published by the examination board in August, for the previous exam series in April to June of the same year. They are usually released one week after the A-Level results, on the Thursday which falls between 20 August and 26 August. The examination results are released to centres (schools) prior to the release to candidates and the public. Examination results are released by the Joint Council for Qualifications (JCQ), which represents the main GCSE awarding organisations. Some boards and schools release results online, although many still require students to attend in person to collect their results from the centre they sat exams at. [26]

            In England, these results then go on to inform league tables published in the following academic year, with headline performance metrics for each school.

            UK GCSE Grades Awarded (%'age) (letter system) [27]
            A* EIN B C D E F g U A*+A A*-C Einträge
            1988 N / A 8.4 12.8 20.7 19.3 16.6 12.5 6.3 3.4 8.4 41.9 5,230,047
            1989 9.9 13.8 21.9 19 15.8 11.2 5.6 2.9 9.9 45.6 5,132,998
            1990 10.8 14.4 22.5 18.7 15.3 10.6 5.2 2.5 10.8 47.7 5,016,547
            1991 11.4 14.7 22.4 18.6 15 10.5 5.3 2.2 11.4 48.5 4,947,593
            1992 12.3 15.3 22.9 18.6 14.7 9.9 4.7 1.6 12.3 50.5 5,028,554
            1993 12.5 15.9 23.1 18.6 14.2 9.3 4.4 1.8 12.5 51.5 4,968,634
            1994 2.8 10.2 18 21.8 18.7 13.7 9.3 4.1 1.5 13 52.8 5,029,599
            1995 3.2 9.9 17.8 22.1 18.6 14 9 3.9 1.5 13.1 53 5,431,625
            1996 3.4 10.3 18 22.3 18.6 13.4 8.7 3.8 1.5 13.7 54 5,475,872
            1997 3.6 10.5 18.1 22.3 18.7 13.3 8.5 3.6 1.5 14.1 54.4 5,415,176
            1998 4.1 10.6 16.5 23.6 18.6 13.2 7.6 3.5 2.3 14.7 54.8 5,353,095
            1999 4.4 10.8 16.9 23.7 18.7 12.7 7.5 3.3 2 15.2 55.8 5,374,751
            2000 4.6 11.2 17 23.8 18.4 12.5 7.2 3.2 2.1 15.8 56.6 5,481,920
            2001 4.9 11.2 16.9 24.1 18.3 12.1 7.1 3.3 2.1 16.1 57.1 5,632,936
            2002 5 11.4 17.4 24.1 18.1 12 6.7 3.2 2.1 16.4 57.9 5,662,382
            2003 5.1 11.6 17.3 24.1 17.7 11.7 6.8 3.3 2.4 16.7 58.1 5,733,487
            2004 5.6 11.8 17.3 24.5 17.3 11.3 6.6 3.2 2.4 17.4 59.2 5.875,373
            2005 5.9 12.5 18 24.8 17.3 10.5 6 2.8 2.2 18.4 61.2 5,736,505
            2006 6.3 12.8 18.3 25 17.3 10.2 5.6 2.6 1.9 19.1 62.4 5,752,152
            2007 6.4 13.1 18.6 25.2 17.2 9.8 5.3 2.4 2 19.5 63.3 5,827,319
            2008 6.8 13.9 19.8 25.2 16.6 9.1 4.7 2.3 1.6 20.7 65.7 5,669,077
            2009 7.1 14.5 19.9 25.6 16.5 8.5 4.4 2.1 1.4 21.6 67.1 5,469,260
            2010 7.5 15.1 20.6 25.9 15.9 7.8 4 1.9 1.3 22.6 69.1 5,374,490
            2011 7.8 15.4 21.7 24.9 15.1 7.8 4.1 2 1.2 23.2 69.8 5,151,970
            2012 7.3 15.1 21.7 25.3 15.9 7.7 4.1 1.9 1 22.4 69.4 5,225,288
            2013 6.8 14.5 21.5 25.3 16.6 8 4.1 2 1.2 21.3 68.1 5,445,324
            2014 6.7 14.6 21.9 25.6 16.3 7.6 3.8 2.0 1.5 21.3 68.8 5,217,573
            2015 6.6 14.6 22.1 25.7 16.4 7.6 3.7 1.9 1.4 21.2 69 5,277,604
            2016 6.5 14.0 21.4 25.0 16.9 8.3 4.2 2.1 1.6 20.5 66.9 5,240,796
            2017 7.1 14.2 20.6 23.5 16.8 9.3 4.7 2.3 1.5 21.3 65.3 3,694,771
            2018 7.0 14.7 21.8 23.4 15.2 8.5 4.5 2.7 2.2 21.7 66.9 860,246

            Quelle: Joint Council for General Qualifications via Brian Stubbs.
            Notiz: In the final year DES statistics for O-Levels are available, and across all subjects, 6.8% of candidates obtained a grade A, and 39.8% achieved grades A to C.


            Which set of commands allows the engineer to complete the task without compromising voice quality?

            A collaboration engineer must configure Cisco Unified Border Element to support up to five concurrent outbound calls across an Ethernet Link with a bandwidth of 160 kb to the Internet Telephony service provider.

            Which set of commands allows the engineer to complete the task without compromising voice quality?
            A . dial-peer voice 1 voip
            translation-profile outgoing Strip9
            max-conn 5
            destination-pattern 91[2-9]..[2-9]……$
            session protocol sipv2
            session target ipv4:142.45.10.1
            dtmf-relay rtp-nte sip-notify sip-kpml
            codec aacld
            B . dial-peer voice 1 voip
            translation-profile outgoing Strip9
            max-conn 5
            destination-pattern 91[2-9]..[2-9]……$
            session protocol sipv2
            session target ipv4:142.45.10.1
            dtmf-relay rtp-nte sip-notify sip-kpml
            codec ilbc mode 20
            C . dial-peer voice 1 voip
            translation-profile outgoing Strip9
            max-conn 5
            destination-pattern 91[2-9]..[2-9]……$
            session protocol sipv2
            session target ipv4:142.45.10.1
            dtmf-relay rtp-nte sip-notify sip-kpml
            codec mp4a-latm
            D . dial-peer voice 1 voip
            translation-profile outgoing Strip9
            max-conn 5
            destination-pattern 91[2-9]..[2-9]……$
            session protocol sipv2
            session target ipv4:142.45.10.1
            dtmf-relay rtp-nte sip-notify sip-kpml


            Leadership at Camp

            We strongly believe in the power of girls and young women&mdashwe know they are leaders and we strive to give our campers many leadership opportunities at every age. Our oldest camper group, the Monarchs (campers entering 9th grade), participate in various leadership and team-building activities designed to guide them in navigating their inner and outer worlds with kindness, grace, and responsibility. Campers identify their own leadership strengths and style while building inner resources to grow from both conflict and failure. These activities incorporate curriculum from Girls Leadership and The Embody Love Movement and include mindfulness and self-compassion exercises, conflict resolution practice, and body positivity through experiential education.

            We are here to build community together, redefining leadership for the modern girl where speaking up doesn&rsquot have to be scary, mistakes are celebrated in every way, and young women know their worth from the inside out.


            Schau das Video: #Mauerfall30: Unionsfraktion trifft sich zu Sitzung in Leipzig (Dezember 2022).